三成美琴（石原龙美饰演）是一名在民间法医组织“UDI”工作的女法医，该组织专门接收因异常原因死亡的尸体，并对其进行解剖以查明案件真相。与美琴合作的还有法医中田实（井浦信饰演）、录音师京部龙郎（和田正雄饰演）和检验技师西子德海林（石川茂饰演）等。虽然中肠科有着丰富的临床经验，但其性格却古怪古怪。梅琴和中殿之间往往存在着不可调和的矛盾，它们对正义和法律有着不同的理解。事实上，中殿里有一个不为人知的秘密。他的女友不幸死于一场“意外”，但各种线索向纳夫透露，是一名连环杀手夺走了她的生命。中殿坚定不移地留在UDI，无所畏惧，正是为了找到杀害女友的凶手。
此时，皇帝向萨摩藩、长州藩下达了讨幕的密敕，并紧接着颁布了王政复古的大号令。朝廷宣告了德川幕府的终结。对此承诺的庆喜移居大阪，新撰组也再一次以并非“浪士集团”而是“幕臣”的身份备战，将屯所移至伏见奉行所。 新撰组队士·市村铁之助，怀着对从以前开始就关系亲密的少女·沙夜的思念，以副长·土方岁三小姓的身份，与身为队医的好友山崎烝、兄长辰之助一起，准备共同迎来身为新撰组一员的命运，但……。 期盼成为武士而前往京都的年轻人们，为了能够衣锦还乡而向着战斗突进。即使最终迎来的会是悲伤的别离……。
