突然出现在人类面前的神秘飞翔体“灾”。 意味着灾厄的此一存在凭借异样的战斗力凌驾于所有的航空战力之上。 为对抗他们而开发的，便是对现有机体进行特别调整以实现超水准高机动力， 被称为“子体”的兵器。 负责操控的则是名为“阿尼玛”的操纵机构。
自幼在森林里长大的男孩卡内奇跟随抚养他的爷爷生活，他得到爷爷真传，性格单纯，武功高强，加上同样身世不明的女孩嘉惠以及狼族好哥们儿福利霸，卡内奇的生活无忧无虑。
谁知道呢，就在马刚弄清真相的时候，警察医院里的成人和儿童SPEC持有者被残忍地屠杀了。愤怒的丹玛无法抑制体内密封的SPEC，她勃然大怒，然后出现在帝国委员会。在Judas、Shigeru（井上春树饰演）和Rune（大岛裕子饰演）的见证下，Fatima的第三个预言实现了。恐怖而耀眼的蘑菇云在上空升起，成千上万的八英尺高的乌云覆盖着天空和太阳，为这个被欲望支配和毒害的世界迎来了毁灭的时刻。在命运的交汇点上，马和汾柳能阻止世界的毁灭吗？
