从“上城”前往“外围”赴任的年轻女刑警·索妮娅,在追查种种事件的过程中,遇到了为保护人类而战的三个丑陋的人。他们究竟是什么人……? 这三个“妖怪人”,各怀心思地隐藏真身生活着。希望通过铲除为害人间的“恶”而成为人类的“贝姆”;憧憬人类,希望通过和人类上同样的学校来理解人类,以成为人类为目标的“贝拉”;看透人类和世间,冷淡地沉浸于游戏世界的“贝罗”。他们在各种各样的事件中,以及与人类相互接触的过程中,不断受伤,不断烦恼。即使为了人类而战,但他们丑陋的样貌决不可能被人类所接纳……。 有一个人正寻找着这样的三人。操纵着暗中控制里布拉市的“看不见的议会”、企图掌控贝姆等三人的她,究竟有何目的?
U.在C.0097年期间,“拉普拉斯事件”的争端结束后,戈达德号这两只独角兽被秘密封存,新义勇残余党的“臂章”也随之解体。就在人类逐渐走出战争阴影之际,失踪两年的独角兽3“凤凰”突然出现了。
这个故事告诉了一群疯狂的科学家为了追求他们的梦想,开发了一种机器,可以用几个基因复制神奇宝贝,并将世界上最强的神奇宝贝复制成一个比幻想能力更强的超级梦想。但当超人醒来时,他逃跑了,因为他找不到真实的自己。