夏威夷的太平洋联合海军演习舰队奉命参与。这艘导弹驱逐舰和另外两艘隶属于男海军中尉亚历克斯(泰勒·基奇饰演)的军舰被用作侦察队,并被命令与外星船只接触。但结果,他们遭到了袭击,遭受了重大损失。由于外星船只部署了盾牌,联合舰队中的其他船只无法提供支持,只能依靠自己的努力来支持他们。最后,三艘现代化的船只全部被毁。由于缺乏可用的船只,但需要摧毁外星人占领的通信站,密苏里号战列舰被改建为海事博物馆,只能用于最后的攻击。谁能在第二次世界大战的王牌战列舰和外星高科技舰艇之间的战斗中获胜?地球的命运是什么?
故事内容延续第一部TV版攻壳机动队STAND ALONE COMPLEX的剧情继续发展。但TV版的2部作品与剧场版无甚联系,可以看做是两个平行世界里发生的事情。 这次TV版第2季的制作班底与第一部相同,同时剧情表达上和第一季一样,每话由不同故事构成,各自独立成章,却贯穿着同一条主线。在剧情上同时电影版导演押井守也参与了协力,不过电影版中凄凉的气氛没有在TV版第二季中体现。
愤怒的桃子为此放火烧了梁洁的房子,后来为了赢得爱人的青睐,她做了整形手术,变成了罗丽。桃子把她的小手指带回家,用难以想象的手段克隆了一个和良杰一样的男人。克隆人听了桃子的话,但试图摆脱原来的桃子。直到有一天,伤愈出院的梁杰意外发现了小指君的存在。他忍不住把小指带回家,强迫他工作赚钱