故事发生在私立高藤学园的校园中，这一年，童年好友大岛祐树（中村悠一 配音）和住吉千里（中村绘里子 配音）共同升上了二年级。作为在校学生，课后的社团活动是校园生活必不可少的一部分，祐树和千里伙同同学木场冬美（水桥香织 配音）一同组织了“食品研究部”。说是研究部，其实不过就 是大家在一起分享美味的零食，但这简单的活动带给了女孩子们无比美好的课后时光。 不幸的是，研究部最大的敌人东云皐月（浅川悠 配音）发出了“解散没有实际成绩的社团”的宣言，而他本人很可能即将当选学生自治会的会长。为了保护心爱的社团，女孩子们决定以竞争对手的身份加入竞选，一场轰轰烈烈的社团保护战开始了。
在之后的记者招待会上，铃木宣布将联系分散在世界各地收藏家手中的向日葵画作集结在日本，举行一次梦幻展览。为此，他聘请毛利小五郎（小山力也 配音）、展览企划负责人圭子•安德森（榊原良子 配音）、画作鉴定师宫台夏美（荣仓奈奈 配音）等七位专家组成“七武士”团队为展览保驾护航。谁知怪盗基德（山口胜平 配音）从一开始便锁定该画作，他不仅大闹会场，还为了抢夺画作而险些炸毁运送专机。 随着画展日期的临近，柯南（高山南 配音）与伙伴们必须尽快越过一座座难以想象的险峰……
