在杀死108个敌人后，真吉纳可以获得转世成佛的资格。神田死后，他的养子卡辛·旺日（也由Yuran Tata配音）继承了神田和三京那之间的合同。后来，可爱成熟的Tense Hayashi（菊地美香配音）、温柔可亲的Yamashin Izuki（中村拓世配音）和成熟冷静的Far Okami（Yumu Bi配音）等相继出现在Kashin Wangri的身边，他们的共同敌人“七星”再次开始运作。
果然，神殿很快被大目付手下团团围住，三十郎出手替年轻人解危，而室户半兵卫（仲代达矢饰）却欣赏三十郎的身手，欢迎他加入。之后，三十郎与九人组去找城代家老，却发现晚了一步已被绑架。 他们到了武士寺田家中再谋营救，隔壁就是敌人所在的黑藤府。菊井一边监禁了城代家老，另一边又想着引出年轻武士们出洞，幸得三十郎所救。在精妙计谋下，解救成功。但室户半兵卫却不放过三十郎，较量的胜负就在一瞬间。
无法在这个世界使用炼金术的爱德华，与长相酷似弟弟的青年爱尔凡斯一起研究火箭的科技，希望借助火箭回到原来的世界。另一边的炼金术世界，弟弟阿尔冯斯修行炼金术，打扮宛若曾经的爱德华，与国家炼金术士们一起寻找找回哥哥的方法。 而暗地中，慕尼黑的一个神秘组织开始了寻找理想国“香巴拉”的仪式，连接炼金术世界与现实世界的“门”被打开了。 兄弟二人的命运与两个世界的危机交织在一起，爱力克兄弟要面对前所未有的挑战。
