三人回忆起小学时光,约定到曾经的游泳馆去。在废弃的游泳馆里,他们居然遇到了归国的松冈凛(宫野真守 配音)。意料之外的是,昔日战友凛性情大变,还对遥发起挑战,结果遥输给了他。 遥、真琴和渚决定成立游泳部,经过多番努力后,终于招募到了新成员龙崎怜(平川大辅 配音),他们以县大赛冠军为目标,进行紧张的集训。另一方面,凛所在的鲛柄学院游泳部也在为大赛作准备。他们约定,要在赛场上决一高下。充满激情和活力的游泳部,在这个夏天,开始了关于友情与青春的Free!故事。
如果我们成功地赢得了所有的比赛,我们能回到现实世界吗。他们到达了解开谜团的关键地点,敌人、朋友和游戏背后的主要信使都出现在那里。尤奇和他的团队这次要挑战的比赛与第一个赛季相比是无与伦比的。
志村涉(向井理 饰)一直在内心里默默的喜欢着开朗活泼的近藤菜绪(内山理名 饰),幸运的是,经过了多年的等候,涉最终抱得美人归。婚后,菜绪很快就怀孕了,两人将菜绪肚子里尚未出世的宝宝命名为步梦。