动画在地球的舞台上展开，地球被神秘的外星人德拉克特和几乎所有的人类摧毁了。过去，Ikesia的居民过着普通的生活，对被抹去的毁灭之日的记忆一无所知。Ikesia是人类躲避外星人的避难所。《光灵：武士之魂》是《光灵》的衍生作品，背景是同一个宇宙，但这回来到日本的幕府末期与明治时代之间，浪人伊藏与半兽人雷登并肩合作，护送拥有魔杖的精灵小女孩前往北方的精灵国度……
