在私立莉莉安女子学院，有这样一个制度，新生应该选择一个学长，两人将成为“姐妹”。在学校学习期间，姐姐会照顾并教授姐姐各方面的生活礼仪。在学院里，山百合协会的名字如雷，作为校长，小笠原和子（伊藤美由纪配音）、黑口理子（森田名美配音）和佐藤佐加（Masamuchi Keimei配音）是学院女孩们羡慕的对象。他们被称为学院的三朵玫瑰，在工作日，他们和他们的妹妹，也被称为玫瑰花蕾，负责管理学生会的规模问题。平凡的少女Fuzawa Yousi（吉田佳奈配音）阴差阳错地成为了祥子的玫瑰花蕾，同时也肩负着管理山百合俱乐部的责任。在与其他花蕾相处的过程中，一种温暖而轻松的校园生活开始了。
柯南、灰原及少年侦探队成员步美、光彦、元太随博士这日露营完毕，绕道参观西多摩市新建于富士山前的日本第一双塔摩天大楼，毛利小五郎恰也应双塔所有者、他的学妹常盘美绪之邀，携小兰、园子参加开幕典礼。
以此为契机，小叶遇到了秘密组织Sirrut，一个通过互联网走到一起的年轻人，包括葬礼藏人（神奈川宏配音）、指挥官春井康夫（Kazuta Yuko配音）、松尾一作（Nakamura Yuichi配音）、藤村俊（Kajima Kazuki配音）和吉山比鲁（Kawasaki配音）。他们的共同目标是终结“七原”（由野田贤二配音）的野心。陌生的伙伴和狡猾的对手，小叶前方的道路充满了危险。。。这部电影是同名动画的剧场版。
