17岁时，住在一家蔬菜店的孤儿Daisuke救了一个名叫Xushasaku的女孩，她在上学的路上被一个犯罪男孩骚扰。以此为契机，两人相识并坠入爱河。大辅希望毕业后能开一家机车修理店，而Saki面对这个她深爱的年轻人，也决定永远陪伴他。
但曾担任联合舰队上尉的哈洛克（Kokuri Seon配音）背叛了盖亚的制裁措施，并驾驶他的阿尔卡迪亚，升起了反政府军的旗帜，成为一名逃亡了一百年的通缉犯。联合舰队司令Isola（森川清治配音）指示他的弟弟Yama（三浦春马配音）潜入阿尔卡迪亚号，探索尼伯龙根人发明的永动机的秘密。在此期间，哈洛克带领他的船员接近地球，而联合舰队则在太阳系中放置了一张网来阻止他的前进。遥远的祖国，久违的真相，震惊了所有人。。。这部电影改编自詹姆斯·松本的经典科幻漫画。
