茵蒂克丝自称因拥有十万三千本魔导书而被魔法师追杀,而上条当麻靠自己的超能力也认定了少女的魔法。少女以危险为由离开上条家,上条如往日一般去学校学习,但放学回家,却发现茵蒂克丝倒在血泊之中。在科学与魔术交叉的世界中,上条当麻与茵蒂克丝的故事开始了。圣杯是一种传说中的宝藏,可以满足持有者的所有愿望。获得圣杯的仪式被称为圣杯战争。圣杯选中的七名参与圣杯战争的魔术师被称为大师,他们与七名仆人签订了合同,称为仆人。他们是被圣杯选中的七个灵魂,分为七个等级,被召唤为恶魔。