在阿罗拉区域，Kochi和Pikachu将遇到新的神奇宝贝，获得Z手环，并学习‘Z招式’。
强盛的帕尔斯王国，因为链接东西方的大陆公路贯穿王国，故其文化和经济都非常繁盛，王都──叶克巴达那更是可以媲美东方「绢之国」首都的繁荣。但在帕尔斯历３２０年，帕尔斯被西方蛮族「鲁西达尼亚」入侵，本来不费吹灰之力便可获胜的帕尔斯，却因为其中一名万骑长的叛变，在平原「亚特罗帕提尼」的会战中惨败，大陆强国竟在一日之间陷入亡国的边缘。败走的帕尔斯国王安德拉寇拉斯三世，在逃亡之际被一名戴著银假面的骑士所捕。而第一次出征的王太子亚尔斯兰，在忠臣达龙的协助下从混乱的战场中死里逃生，最后到了巴休尔山找寻不被国王所重用的那尔撒斯。王太子亚尔斯兰在一智一勇的二人，以及其他投奔麾下的忠臣辅助下，踏上了艰苦的复国之路.......
