为了防止犯罪团伙报复他，信义决定匿名并秘密追捕他们，希望能获得解药。有一天，新一的女友Maurilan来到阿里医生家，寻找她男朋友的下落。被小兰抓住的新一很快编造了自己的名字江户川柯南，然后柯南就和小兰在一起了。小兰的父亲森小五郎是一名私家侦探。新一可以利用他出去和他一起调查夜人的下落。柯南在小学时遇到了布美等小学生，他们一起组织了一支青年侦探队，向罪犯宣战！
一天后，次郎被警方带走调查，这一消息被直美得知，直美来到警署，愿意证明次郎的清白。 之后，直美和次郎再一次在新宿重逢，此时的直美已经深深的爱上了次郎，她邀请次郎参加自己的生日派对。直美的家人安排她前往巴黎留学，在离开之际，直美希望能够最后见次郎一次。与此同时，次郎杀死的流氓系黑帮冢田组的成员，为了替他报仇，冢田组派出了杀手想要追杀次郎。
然而，她的姐姐得了不治之症，不久就去世了。在与姐夫独处的那段时间里，恩珠沉默已久的情绪似乎又开始爆发了
