21世纪初,人类将多数人留在被哥斯拉蹂躏的地球上,仅使被选中的人们乘上恒星间移民船·阿拉特拉姆,前往能够移居的“约定之地·τ星e”。但这一计划失败,人类只得再度返回地球。少女为了保护悠二不被法利亚格尼袭击,开始与悠二一同生活。悠二满怀感激向少女道谢,不料少女却如此低喃:“你已经不存在了。” 我已经死了?存在丧失者·悠二为何还能够思考呢……