正邪不能两立，光明与黑暗永远敌对。远古时期，正义的魔弹战士们为了世界的和平，早已开始和邪恶的魔物对抗，在双方实力平分秋色之下，魔弹战士失去了能量，而魔物的大魔王幽缘魔魂则化成原始的卵。
由于光之一族的诅咒的影响，导致吉田优子一家人永远过着贫苦的生活，这么说来，吉田优子打倒光之一族，不仅仅是为了魔族的荣誉，其实也是为了自己。 吉田优子的对手是名为千代田桃（鬼头明里 配音）的魔法少女，和千代田桃相比，吉田优子的魔力显然要弱得多，因此屡战屡败。也就是在屡败屡战的过程中，吉田优子竟然和千代田桃之间发展出了一段令人啼笑皆非的友谊。
地处沙漠腹地的城市迪赛鲁西坦到了，曾经，在这里发生过一场声势浩大的神奇宝贝战争，亦是因为这场战争，这里才成为了干涸少水的沙漠。在这里，麦亚丽和哥哥巴尔扎（藤原龙也 配音）汇合了，让大家没有想到的是，巴尔扎竟然得到了封印着可怕神奇怪手的瓶子。在误打误撞之中，封印被解开了，那个曾经终结过迪赛鲁西坦的可怕怪兽重见天日，而它的真实身份，竟然是超胡巴（山寺宏一 配音）。
