这个被称为“疫苗世界”的地方在维度上与地球不同，是一个和平稳定的世界，四季如春。有一天，被封在那里的病毒之王“黑暗恶魔”逃跑了，朝着地球的方向逃跑。被这件事困扰的疫苗行业女神玛雅命令学徒守护兽麦丸追捕黑暗恶魔和他们所生的病毒。
大企业家也是国际毒贩的仇震指使义女江蓉除掉每一个与他作对的人。林亚芝律师接受被害人的委托控诉仇震，她的未婚夫叶刚是重案组的成员，两人联手调查仇震，不幸在查案中亚芝被杀手江蓉杀害。
战国时代──以恐怖来统治天下最凶最恶的武将“牙鬼幻月”。由“伊贺崎家”率领的一群忍者，经过激烈的战斗，打倒了“牙鬼幻月”。 但“牙鬼幻月”却留下了不详的预言… “444年后，我将变成妖怪复活再次以恐怖支配天下！”时光流逝—— 终结忍者“伊贺崎好天”跟复活的妖怪“牙鬼幻月”决斗，并成功将它封印。时光再次流逝到了现代──“牙鬼幻月”的封印被解除， “牙鬼幻月”的怨念生出了一批妖怪，这些妖怪们组成“牙鬼军团”， 为了让“牙鬼幻月”完全复活，妖怪们到处搜集人们的恐惧心，开始向人们展开袭击！紧急时刻，出现了5个年轻人。 他们正是伊贺崎家的末裔，也就是终结忍者・伊贺崎好天的孙子们！“当忍则忍，可不忍则不忍！” 三代同堂，用火热的“忍者心”（Nintality）以及各种异想天开的忍术来漂亮的击退妖怪！为了继承祖父的“终结忍者”这个封号，也为了阻止妖怪军团让“牙鬼幻月”复活， 他们不仅不忍，还要大肆反击！
