1年9班消失不见,朝比奈学姐视其形同路人,甚至早已死去的朝仓也代替凉宫春日坐在了阿虚的后面,而春日则如同人间蒸发一般无人知晓。当他冲向SOS团的教室时,只看到了孤零零坐在角落里看书的长门有希,一向淡定自若、冷如冰霜的长门大神也变成了怯懦害羞的乖乖女。从前一日长门留下的蛛丝马迹中,阿虚判断出这个世界似乎被某人重组了一番。 此时的阿虚,握有连接两个绝然不同世界的钥匙,他面临着重大的选择……
故事发生在大陆历一六零四年,持续了三个世纪的漫长战争终于画上了终点,整片菲尔毕斯特大陆哀鸿遍野,满目疮痍。托鲁(间岛淳司 配音)和阿卡丽(原优子 配音)虽然没有血缘关系,却结为了义兄妹,两人相互扶持经历了残酷的战争,彼此之间结下了深深的羁绊。
然而,令彼得没有想到的是,他强大的权力和高人气吸引了来自各个种族的女性,她们都想获得继承了这种强大基因的孩子。鬼族姐妹Lisa(山村林果配音)和Meimei(竹田彩奈配音),像High Elf Wigan(内原明日配音)那样傲慢且总是通过鼻孔判断人,以及像兽人Pigrit(Chiamoto Kiyoka配音)那样非常内向且总是缺乏自信的人,他们都开始争夺彼得的种子。