两人的相遇让他们有了回到过去的特殊能力。与此同时,女扮男装的尤加(Yuri Uga,小泽明配音)、同样拥有穿越时空能力的德国女孩小雅(Kazuka Nazuka配音)和太阳镜男主人公村田(Yoshiki An配音),一直追随秋子的人迷恋而固执的山崎佳奈子(由Horie Yuichi配音)和神秘的少女Fumio Fumio(由Noaka Blue配音),这些角色相继出现在Yasaka一郎的身边。
明治维新十二年后,日本迎来了一个新时代。曾经强大的刽子手飞村建新现在成为了一名和平主义者,与朋友在东京过着平静的生活。一天晚上,建新最喜欢的餐厅遭到枪击,只留下一张写着“人类惩罚”的纸条——有人正准备代表天堂行事,审判的日子即将到来。