2010年,小学教员市川新市(哀川翔 饰)变身斑马人,打败了前来入侵的外星人,成为全人类的偶像。但在此之后,市川却神秘消失,行踪不明。转眼15年过去,日本发生巨大的改变。正邪颠倒,罪恶横行。东京更名斑马城,每天都有5分钟被称为“斑马时间”。
《夏日的碧海》一篇,人气偶像歌手春日奈(深田恭子)于一次交通事故中毁容,痴心歌迷为了陪伴她,不惜自毁双目。《静寂的雪山》一篇,年老患病的黑帮大佬自知时日无多,心血来潮到故地重游,发现任由沧海变桑田,旧情人仍像几十年前一样每逢周六就带好盒饭在相约的时间和地点守候他。
在新的故事中,神秘动物学的组织“皇帝组织”将勇敢面对这只巨型怪物,强大的哥斯拉也将与门兹拉、拉顿及其死敌基多拉三王展开激烈对抗。当这些传说中的超级生物再次崛起时,他们将进行皇室斗争,人类的命运岌岌可危