在没有经历过改革的日本，一个新的故事已经开始了！这个世界上不可战胜的处女傻瓜将成为一个关于巨型机器人和爱情的武侠故事。
谁知当一切都按部就班进行之时，意外突然发生。与此同时，距离大使馆不远的一座摩天大楼内，日本首相遭到密码箱炸弹的暗杀，素子之前的上司陆军501机关的机关长库露兹（浅野麻由美 饰）也在爆炸中丧生。经过缜密追查，素子等人发现一种能够篡改记忆的病毒正在网络蔓延，而她的身世居然和一连串的事件有着密切联系。危机当前，阴谋悄然复出水面…… 本片根据士郎正宗的同名原作改编，系《攻壳机动队》诞生25周年纪念作品。
一次偶然中，南枫走进了一家魔法商店，买回了一只附有精灵的马克杯，在念出杯底篆刻的咒语之后，一只名叫咪路（小樱悦子 配音）的精灵出现在了她的面前。就这样，南枫开始了和咪路的共同生活。 平日里温文尔雅但一发起火来就会变身修罗的莉露姆，身材矮小个性呆萌的王子姆路（钉宫理惠 配音）、有些色色的但十分可爱的亚西吉（铃木晶子 配音），除了咪路外，这个世界上还存在着许许多多的精灵。
