这支部队由中岛中将创建，旨在对抗现代大国的情报战，但零机构目前的任务是应对隐藏在东京的吸血鬼事件。被指派担任这项工作的人是最强的人类前田吉野，这个国家排名最高的吸血鬼，也是机制的新人黑井秀夫。他的智慧超乎寻常，从江户时代起就一直存在。他也是一个疯狂的科学家，喜欢他日渐衰老的大脑竹内。以上是零机构执行部队的成员。吸血鬼的数量越来越多，秘密行动的阴影，神秘的人造血液的存在，以及这些事件的冷眼观察者是S级吸血鬼Dave Roth，尽管他已经300多岁了，但他的外表与儿童相似。零机制今天，穿梭于大正的浪漫之夜。
游戏以前作 2 年后的日本乡村小镇“稻羽市”为舞台，玩家将扮演刚转学到稻羽市八十神高中 2 年级的主角，在追查神秘连续杀人事件时，潜在的“PERSONA”能力觉醒，同时也开启了进入异世界的大门，与其他 PERSONA 召唤者一同挑战神秘的迷宫。 游戏承袭前作的基本系统并加以强化，结合校园冒险与迷宫战斗 2 大部分。冒险部分将让玩家体验与形形色色的夥伴结交与互动的过程；战斗部分则让玩家与夥伴组队深入本作全新登场的乱数产生迷宫，发挥各自的 PERSONA 之力对抗异世界的神秘怪物。
主人公·大叔是一位外表帅气却过着放荡生活的父亲，工作是马桶盖设计师。和妻子离婚后与学习运动万能的女儿小敏一起生活。某天在一次平常的厕所蹲坑中大叔竟然让马桶吸了进去！ 穿越到未知世界的大叔被赋予拯救地球的重任，稀里糊涂的成为了超级英雄！而成为英雄的代价却是将原本英俊帅气的大叔变成了臃肿丑陋的大胖子！！守护地球和小敏的战斗，就此开始…
