故事发生在明治64年的另一个日本,德川庆在那里掌权。该国依靠能源“龙脉”形成了融合江户和科学的独特发展。但在繁荣的背后,反体制组织“蛇”正在酝酿一场革命之火。德川政府任命了秘密组织“鵺“驱逐他。南太平洋のウエスター島の石像が大阪の万博に運ばれた折、石像の魔力によって封じ込められていた大魔獣ジャイガーが甦り、万博会場をバックにガメラと死闘を展開する。話題の大阪万国博を舞台にしているが、マンネリ化は食い止められなかった。