全光高中的文艺系里住着一群性格各异的年轻男女。其中,高二学生安藤寿来(冈本伸彦配音)是典型的中学生疾病。他每天都梦想着拥有拯救世界的超能力,但谁能想到他不切实际的愿望真的实现了。
正在上小学三年级的樱桃小丸子(Tarako 配音),因班长丸尾末夫(飞田展男 配音)提出了抽签换座位的要求,抽到了她不喜欢的调皮同学大野健一(山口胜平 配音)跟彬山聪(真山亚子 配音)同桌。而且和最好的同学小玉(渡辺菜生子 配音)分了桌。
西元1999年,一顆不明的巨大「流星」墜落在地球上。之後調查證實這其實是一艘外星人的宇宙船,之後世界的某些強國為了將其修復並彌補墜落時對地球環境所造成的破壞(還得掩蓋掉這個外星船墜落的事實),而組成了統合政府。