失去阿尔梅多尼亚首都贝恩的王储朱利叶斯为了恢复自己的权利，向《人类宣言》的发起者大凯撒帝国寻求帮助。大凯撒帝国玛丽亚女王的妹妹琼·尤弗里亚代表帝国协助阿米多尼亚进行谈判。不仅仅是阿尔弗雷登和阿米多尼亚，事情的发展方向即将影响整个大陆的命运。
故事设定在一个身怀魔力的人类濒临灭绝的世界，武力的最高境界从使用利剑，转而到使用魔法，继而变成了使用枪械。就读于培训用以取缔残存魔力威胁的“异端审问官”专业机关——“对魔导学园”的男主角草薙哮，是个完全不会使用枪械，只靠一柄刀与敌人交锋的另类。而他率领的第35试验小队又被称为“杂鱼小队”，顾名思义是由一群劣等生拼凑而成的团队。某一天，拥有“魔女猎人”资格的超精英持枪高手凤樱花，竟然加入了这支队伍。在带领队员动身执行回收魔导遗产的任务中，一场学园动作奇幻大作就此开始。
超级受欢迎的小镇每日奇幻故事又回来了！主人公夏美子从自己的恶魔部落的力量中醒来后，尽管力量较弱，但她还是奋力举起黑暗部落的封印。魔法少女桃本应是她的对手，但由于某种原因，他们开始互相帮助，追寻魔法少女在镇上消失的谜团。。。
